Mikroskopy fluorescencyjne w Laboratorium Mikroskopii Fluorescencyjnej wykorzystywane są do analizy kariotypów i konstruowania kario- i idiogramów (karyotyping) oraz do analizy sygnałów hybrydyzacji in situ stosowanej w mapowaniu różnych sekwencji DNA w chromosomach lub jądrach interfazowych. Celem prowadzonych badań jest poznanie struktury i ewolucji genomów roślinnych.

Mikroskopy fluorescencyjne są podstawowym narzędziem badawczym w analizie komunikacji symplastowej z wykorzystaniem fluorochromów w trakcie rozwoju embrionalnego jak i post-embrionalnego roślin. W laboratorium realizowane są także badania wykorzystujące immunohistechemiczną detekcję epitopów pektyn i AGP roślin rosnących w różnych warunkach środowiskowych (zasolenie, zanieczyszczenie gleby, wpływ patogenów).