Laboratorium wykorzystuje dwa chromatografy gazowe wyposażone w detektory płomieniowo-jonizacyjne (FID). Chromatograf Agilent wykorzystywany jest głównie do identyfikacji bakterii w oparciu o profile komórkowych kwasów tłuszczowych (FAME) oraz oprogramowanie Sherlock 6.2 (MIDI Inc.), a także do uzyskiwania profili fosfolipidowych kwasów tłuszczowych (PLFA) izolowanych z próbek środowiskowych. Chromatograf HP wyposażony w kolumnę Restek Rxi-5ms służy do oznaczania całkowitej zawartości węglowodorów (TPH) w zakresie C10-C40 w próbkach środowiskowych.